Ректор — архієпископ Білогородський Сильвестр, вікарій Київської Митрополії, ректор Київської духовної академії і семінарії, кандидат богослов’я, професор.
Ректор Київських духовних шкіл призначається на посаду указом Блаженнішого Митрополита Київського і всієї України на підставі рішення Священного Синоду Української Православної Церкви.
Ректор здійснює керівництво Київською духовною академією та семінарією відповідно до академічного Статуту, при посередництві заступників (проректорів), які затверджуються на посаді Блаженнішим Митрополитом Київським і всієї України. Ректором затверджується внутрішній розпорядок і регламент роботи, повноваження структурних підрозділів та посадові обов’язки працівників Київської духовної академії і семінарії, а також, в межах своєї компетенції, видаються накази, розпорядження, вказівки, обов’язкові для виконання працівниками Київської духовної академії.
Вчена рада — колегіальний орган, який здійснює загальне керівництво діяльністю Академії. До складу Вченої ради Академії за посадою входять: ректор, проректори, секретар Вченої ради, завідувачі кафедрами. Інші члени Вченої ради обираються Загальними зборами або призначаються ректором.
Проректори, секретар Вченої ради, старший помічник і штат чергових помічників проректора з виховної роботи складають адміністрацію Київських духовних шкіл.
Перший проректор — протоієрей Сергій Ющик, кандидат богослов’я, професор.
Проректор з науково-богословської роботи — Бурега Володимир Вікторович, кандидат богослов’я, кандидат історичних наук, професор.
Проректор з виховної роботи — єпископ Згурівський Амвросій, кандидат богослов’я, професор.
Проректор з навчально-методичної роботи — архімандрит Філарет (Волошин), кандидат богослов’я.
Вчений секретар — архімандрит Митрофан (Божко), кандидат богослов’я.
Завідувач Сектором заочного навчання, духівник — архімандрит Маркел (Павук), кандидат богослов’я, доцент.
Ректором призначаються також:
Помічник ректора по роботі з іноземними студентами — протоієрей Ростислав Снігірьов, доктор богослов’я, професор.
Благочинний Академічного храму на честь Різдва Божої Матері — архімандрит Досифей (Михайлюк).
Завідувач бібліотеки та церковно-археологічного музею — архімандрит Дамаскін (Лебедь), кандидат богослов’я, доцент.
Старший помічник проректора з виховної роботи — архімандрит Володимир (Ціпіньо), магістр богослов’я.
Економ — ієромонах Мелетій (Завадський), магістр богослов’я.
Редактор офіційного сайту — Надь Олег Оттович, кандидат богослов’я, доцент.
Штат чергових помічників проректора з виховної роботи:
архімандрит Досифей (Михайлюк)
архімандрит Пантелеімон (Мельник)
архімандрит Афанасій (Стрельцов)
ієромонах Мелетій (Завадський)
